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Foi fundado em 1969 pelo irmão marianista Dr. Roberto Wood, que reuniu um grupo de professores ligados à especialidade. Paralelamente, organizaram o Instituto de Estudos Pré-Colombianos, criado junto com o museu em 1970, dando início ao curso profissional de Arqueologia na universidade, o primeiro fora de Lima.
O museu possui oito salas que apresentam o desenvolvimento cultural da região de Arequipa, desde os caçadores-coletores alto-andinos, aproximadamente por volta de 10.000 a. C., até a chegada dos espanhóis no século XVI e a etapa republicana.

Rua Cruz Verde 303, Cercado de Arequipa.
Apresenta o Período Pré-Agroalfareiro, representado pelo abrigo rochoso pré-cerâmico de Pintasayoc, com peças ligadas à etapa lítica, como pontas de projétil, facas e raspadores. Também mostra evidências do Período Intermediário Inicial, com influência Nazca na região de Arequipa.
É dedicada ao Período Intermediário Tardio e ao Senhorio Churajón, estabelecido em áreas de Arequipa e Moquegua. Seus habitantes desenvolveram a agricultura, a criação de animais, os terraços agrícolas e uma cerâmica tricolor com decoração geométrica.
Apresenta o Reino Chiribaya, desenvolvido em Moquegua e reconhecido por sua cerâmica policromada e sua tecelagem. Também inclui manifestações do Reino Aruni, associado à zona de Condesuyos, com cerâmica modelada e decorações de camelídeos, suris, serpentes e motivos geométricos.
Exibe peças relacionadas ao Reino Colla, desenvolvido no Altiplano, às margens do Lago Titicaca, cuja influência chegou até áreas da costa de Arequipa.
É dedicada ao Horizonte Tardio e ao Tahuantinsuyo, um dos maiores Estados da América pré-hispânica. Destacam-se peças de cerâmica, arquitetura, agricultura e engenharia hidráulica. Uma das formas cerâmicas mais características desse período é o aríbalo.
Mostra evidências ligadas ao período inca, como fardos funerários, tecidos, objetos de metalurgia e cerâmica.
É dedicada à tecelagem andina. Apresenta tecidos elaborados com algodão e lã de camelídeos, incluindo vicunha, alpaca e lhama. Esses tecidos foram usados como vestimenta, redes de pesca, bolsas, faixas, mantas, gorros e turbantes.
É dedicada aos períodos colonial e republicano. Exibe objetos de vidro, louça, ferro e outros materiais trazidos da Europa, além de peças relacionadas às mudanças culturais posteriores à chegada espanhola.
Horário referencial: de segunda a sábado, das 9h00 às 18h00.
As tarifas referenciais são de S/ 3,00 para visitantes nacionais, S/ 1,50 para estudantes e S/ 20,00 para visitantes estrangeiros.

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