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Fue fundado en 1969 por el hermano marianista Dr. Roberto Wood, quien reunió a un grupo de docentes afines a la especialidad. Paralelamente, organizaron el Instituto de Estudios Precolombinos, que nació junto con el museo en 1970, dando inicio a la carrera profesional de Arqueología en la universidad, la primera fuera de Lima.
El museo posee ocho salas que presentan el desarrollo cultural de la región Arequipa, desde los cazadores-recolectores altoandinos, aproximada hacia el 10 000 a. C., hasta la llegada de los españoles en el siglo XVI y la etapa republicana.

Calle Cruz Verde 303, Cercado de Arequipa
Presenta el Periodo Preagroalfarero, representado por el abrigo rocoso precerámico de Pintasayoc, con piezas vinculadas a la etapa lítica, como puntas de proyectil, cuchillos y raspadores, También muestra evidencias del Periodo Intermedio Temprano, con influencia Nazca en la región Arequipa.
Está dedicada al Periodo Intermedio Tardío y al Señorío Chujarón, asentado en zonas de Arequipa y Moquegua. Sus pobladores desarrollaron la agricultura, la ganadería, a andenería y una cerámica tricolor con decoración geométrica.
Presenta el Reino Chiribaya, desarrollad en Moquegua, reconocido por su cerámica policroma y su textilería. También incluye manifestaciones del Reino Aruni, asociado a la zona de Condesuyos, con cerámica modelada y decoraciones de camélidos, suris, serpientes y motivos geométricos.
Expone piezas relacionadas con el Reino Colla, desarrollado en el Altiplano, a orillas del lago Titicaca, cuya influencia llegó hasta zonas de la costa arequipeña.
Está dedicada al Horizonte Tardío y al Tahuantinsuyo, un de los Estados más extensos de la América prehispánica. Destacan de cerámica, arquitectura, agricultura e ingeniería hidráulica. Una de las formas cerámicas más características d este periodo es el aríbalo.
Muestra evidencias vinculadas al periodo inca, como fardos funerarios, textiles, objetos de metalurgia y cerámica.
Está dedicada a la textilería andina. Presenta textiles elaborados con algodón, lana de camélidos (vicuña, alpaca y llama). Estos tejidos fueron usados como vestimenta, redes de pesca, bolsas, fajas, mantas, gorros y turbantes.
Está dedicada a la época colonial y republicana. Exhibe objetos de vidrio, loza, hierro y otros materiales traídos de Europa, además de piezas vinculadas a los cambios, culturales posteriores a la llegada española.
Horario referencial: de lunes a sábado, de 9:00 a.m. a 6:00 p.m.
La tarifas referenciales para los visitantes nacionales es de S/ 3.00, estudiantes S/ 1.50, para los visitantes extranjeros es de S/ 20.00.

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